矩形波纹补偿器主要用来吸收矩形管道所产生的轴向位移和横向位移，但是并不吸收角向位移。它的选型与应用方法与圆形波纹补偿器相同，整个使用过程中需要避免波纹管承受扭力。
应用于轴向位移时：
通过固定支架将管道分割成若干个直管段，两个固定支架之间设置一个矩形波纹补偿器。在“Z”形管线不建议使用，在管线的两端设置了主固定支架，用于承受内压推力，由位移所引起的弹性反力和导向支架的摩擦力。由于存在“Z”形弯管，载荷须要经过斜管臂来传递，因此，在管道上产生了一个力矩，如果管道尺寸很小，两平行管段的间距较大，由于内压和位移所引起的载荷较大，这种设置方法会使管道和导向支架发生畸变或产生过高的应力。需要注意的是导向支架应靠近斜管臂两端设置，以便于减小作用在管道系统上的弯矩。
横向位移以及组合位移作用：
用于单式轴向型吸收轴向位移的同时吸收少量横向位移，选用复式自由型当中间管段较重时，补偿器应设置铰链等承重结构并将中间管道的重量传递给两侧的支架。
在应用过程中需要重视压力推力对主固定支架产生的影响，避免引起补偿器的变形导致无法正常工作。